保健所政令市（或稱保健所設置市）是日本依據其《地域保健法》所指定的城市，被指定的城市可以設置自己的保健所。保健所是支援地區居民健康和公共衛生的一種政府機關。
依據日本《地域保健法》規定，地方政府中的都道府縣、政令指定都市、中核市及其他城市和特別區可以依據法令設置保健所。
目前山形縣、茨城縣、山梨縣、福井縣、奈良縣、和歌山縣、鳥取縣、島根縣、德島縣、佐賀縣及沖繩縣轄下無任何保健所政令市存在。
