惲彥琦(1828年—1893年),字莘農[1]、亦韓[2],江蘇陽湖(寄籍順天府大興縣)人,清朝政治人物、進士出身。惲光宸之子。
咸豐九年,登進士,授禮部額外主事[3],后升任禮部郎中[4]。光緒三年,任湖北督糧道[4]。光緒八年,署湖北按察使[5]。