孢子囊植物真菌制造并容纳孢子的组织。孢子囊会出现在被子植物门裸子植物门蕨类植物门蕨类相关苔藓植物藻类真菌等生物上头。

毛霉的成熟孢子囊
苔藓孢子囊(䇲)
蕨叶上的孢子囊堆
问荆球花切开后露出的孢子囊

小孢子囊花朵雄蕊上被称做花药,以及雄球果小孢子叶上产生花粉的部分。

大孢子囊是此类植物相对的“雌性”部分,分别为花朵的心皮及大孢子囊球果。

蕨类植物上,成熟的植物是孢子体,并会在所以或只有某些叶子(称之为繁殖叶)上产生带有有性孢子的孢子囊。这此孢子会在叶子的下端。

在苔藓上,其孢子囊则是长在细茎上,并如蕨类植物一般会产生有性孢子。此一孢子体双倍体)的孢子囊是从卵受精后的配子体单倍体颈卵器长成出来的。孢子囊起初会有一些叶绿素,但之后便会转变为棕色,并改由依靠配子体提供其养分。孢子囊会从茎部基部,依附着颈卵器组织的地方吸收养分。

因其发育的不同,孢子囊在维管植物中可分成厚孢子囊薄孢子囊两种。薄孢子囊只出现在蕨类植物中,一开始只有一个细胞,并由此细胞发展成茎、壁和孢子囊内的孢子。每个薄孢子囊内有64个左右的孢子。厚孢子囊出现在所有的其他维管植物和一些原始蕨类中,一开始是一层细胞(多于一个细胞)。厚孢子囊较大(因此有较多孢子),且有多层的壁。虽然这些壁可能会伸展及损伤,导致最后只剩一层壁还残留着。

一群孢子囊可能在发展中聚合在一起,称之为聚合囊。此一结构在松叶蕨属和如天星蕨属单蕨属合囊蕨属合囊蕨纲中是很显著的特征。

另见