钱存训认为，传统的四部分类有数点问题，包括是将儒学置于分类的中心；框架过于简单，而没法包含细节；框架不够灵活。关于框架不够灵活，余嘉锡指出，后来出现范畴，如古筝、围棋、书法、动植物书籍等在四部分类方没有合适的位置，而只能放于“子部”之中。此外，类书和丛书的分类往往是一个问题。虽然存在着这些问题，但是因为四部分类法已经使用甚久，至近代很难改变这种分类法。
