孙元衡(1661年—?),字湘南,中国清朝官员,安徽桐城人。
孙元衡为贡生出身,康熙42年(1703年)任台湾府海防补盗同知。康熙45年(1706)接替病逝于任内的毛殿飏,代理诸罗县知县。[1]康熙四十六年(1707年)改任台湾府台湾县知县。