PyMOL

PyMOL是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件。由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC将它商业化。DeLano Scientific LLC是一个私人的软体公司，它致力于创造让普遍的科学与教育社群都能取得的好用软体工具。

PyMOL

PyMOL的使用界面：包括一个图形显示窗口和一个GUI窗口。
开发者	DeLano Scientific LLC
当前版本	1.0rev1（2007年7月31日）
源代码库	github.com/schrodinger/pymol-open-source
操作系统	Windows、各类Linux和Unix、OSX
类型	分子建模
许可协议	开放源码，使用者赞助
网站	pymol.sourceforge.net

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软体的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。

软体以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。

商业化举措

自2006年8月1日起，DeLano Scientific对于事先编译过的PyMOL执行程式（包括beta版）的取得采取限定下载的措施。 目前，完全无限制的可执行程序只有付费用户可以取得。学生和教师可以通过一项声明来取得教育版PyMOL以用于教学和其它受限制的领域。用户还可以在一定时间内免费使用评估版本，以便于决定是否购买该软件。

PyMOL的源代码目前仍可以免费下载，供使用者编译。对于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系统，非付费用户可以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程式；而对于Windows的使用者，如果不安装第三方软件，则无法编译源代码。这表示使用Windows的用户取得新版PyMOL（PyMOL1.0及之后的版本）执行程式的方式就是成为付费会员，或者使用第三方软件（如Cygwin）进行编译。

类似软件

• VMD
• Gabedit
• Molden
• Moleke
• Molecular modelling
• Jmol
• RasMol
• WHAT IF software
• Cn3D

外部链接

• PyMOL主页（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• PyMOL Wiki（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• DeLano Scientific LLC（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Protein alignment program coupled with PyMOL（页面存档备份，存于互联网档案馆）
• Molecular movie-making with PyMOL