吳文元(1431年—?),字善長,福建建寧府甌寧縣人,明朝政治人物。
成化元年(1465年)乙酉科福建鄉試第八十九名。成化二年(1466年)聯捷丙戌科進士。官浙江按察副使,曾議海道便宜十事,切中時弊。升河南按察使。工詩文。
曾祖父吳子安。祖父吳仲銘。父親吳智,曾任國子助教[1]。