基因文庫

分子生物學中, 一個基因文庫是通過分子克隆的方法存儲和繁殖微生物群的DNA片段的集合。 基因文庫有很多種,包括部分基因文庫(cDNA文庫)、基因組文庫(由基因組DNA形成),以及隨機突變體庫(由被替代的核苷酸或密碼子結合形成的新的基因合成)。基因文庫是當前分子生物學的一個主要研究方向 ,這些文庫的用途取決於原始DNA片段的來源。用於文庫製備的克隆載體和技術存在差異,但通常每個DNA片段都被獨立地插入一個克隆載體,然後將重組DNA分子轉化入受體菌群(細菌人工染色體,BAC文庫)或酵母內,使得每個生物體平均含有一個構建的表達載體(載體+插入物)。隨着培養的種群的數量增長,其中包含的DNA也在被不斷複製。

術語

術語「文庫」可以指生物群(每個生物攜帶插入克隆載體中的DNA分子),或者指所有克隆的載體分子的集合。

部分基因文庫

部分基因文庫(英語:cDNA library)是以從特定來源(細胞集合,特定組織或整個生物體)純化的mRNA樣品為模板,使用逆轉錄酶形成的互補DNA與適當的載體連接後轉化到受體菌形成的重組菌群。因此,它一定程度上反映了來源細胞在純化mRNA時的生理環境下活躍轉錄的基因。

cDNA文庫可用於反向遺傳學,但它們僅代表給定生物體基因組的非常小(小於1%)的一部分。

cDNA文庫的應用包括:

  • 發現新基因
  • 克隆全長cDNA分子用於體外基因功能研究
  • 研究在不同細胞或組織中表達的mRNA
  • 研究不同細胞或組織中的選擇性剪接

基因組文庫

把某種生物的基因組的全部遺傳信息(DNA)切成適當長度的片段,並分別與載體結合,導入微生物細胞,形成克隆。包含基因組中所有DNA序列的克隆的集合,稱為基因組文庫(英語:Genomic library)。[1]

基因組文庫的應用包括:

  • 確定給定生物的完整基因組序列(參見基因組計劃
  • 作為通過基因工程產生轉基因動物的基因組序列的來源
  • 體外調控序列功能的研究
  • 癌組織中基因突變的研究

構建

克隆載體

克隆載體(英語:Cloning vector)是取自病毒,質粒或高等生物的細胞的一小段DNA,可以在生物體中穩定存在,並可以插入外源DNA片段用於克隆目的。[2]因此,載體有易將DNA片段插入載體或從載體中除去的特徵,例如通過用切割DNA的限制酶處理載體和外源DNA。由此產生的DNA片段含有平末端或粘性末端,然後通過分子連接將載體DNA和具有相容末端的外源DNA連接在一起。在將DNA片段克隆到克隆載體中後,可以將其進一步亞克隆到另一種用於更具體用途的載體中。

構建基因文庫常常使用的載體有λ噬菌體cosmid載體質粒人工染色體(包括酵母人工染色體YAC、細菌人工染色體BAC、P1派生人工染色體PAC等)。

載體最常在細菌細胞中繁殖,但如果使用YAC(酵母人工染色體)作為載體,則可以在酵母細胞中繁殖。載體也可以在病毒中繁殖,但這可能是耗時且繁瑣的。但通過使用病毒(通常是噬菌體)實現的高轉化效率使得它們可用於包裝載體,然後將其導入細菌(或酵母)細胞中。

基因組文庫的構建

  • 載體DNA片段的製備:使用限制性核酸內切酶對載體DNA分子進行剪切,使之成為線狀DNA。
  • 供體DNA片段的製備:對生物體總DNA分離純化,並使用機械剪切法或酶切法分離出特定大小的DNA片段。
  • 供體與載體DNA的連接:使用DNA連接酶將供體與載體連接成為重組DNA分子。
  • 重組DNA分子的轉化:將重組DNA分子轉化進入受體細胞。
  • 篩選與保存[1]

cDNA文庫的構建

  • 載體DNA片段的製備
  • 多聚RNA的分離與純化
  • 雙鏈cDNA的合成
    • 第一條cDNA鏈:逆轉錄法
    • 第二條cDNA鏈:鹼解或酶解法除去RNA分子
  • cDNA與載體DNA相連
  • 重組cDNA分子的轉移[1]

參考文獻

  1. ^ 1.0 1.1 1.2 基因组DNA文库(Genomic library)构建 (PDF). [2018-08-29]. (原始內容存檔 (PDF)於2018-08-29). 
  2. ^ Definition of cloning vector. Genome Dictionary. [2012-10-18]. (原始內容存檔於2010-02-24) (英語).