肌鈣蛋白C（英語：troponin C）是肌鈣蛋白複合物的亞基之一，負責與鈣結合的功能，與其他兩亞基共同作用而響應鈣離子濃度的變化，進而調節肌動蛋白與肌球蛋白的結合以及骨骼肌的收縮。
肌鈣蛋白C的結構通常包括四個鈣結合EF手結構域，少部分亞型的鈣結合結構域會少於四個。肌鈣蛋白和肌動蛋白與原肌球蛋白（英語：tropomyosin）一起組成細肌絲。肌鈣蛋白C可分為N端半段（N lobe）和C端半段（C lobe）。C端半段的結構能結合 Ca2+離子或Mg2+離子，可用於結合TnI的N端。N端半段只能結合Ca2+，是有調節作用的半段，可在結合鈣離子後連接於TnI的C端。
兩種組織特異性亞型為：