於潛縣是浙江省內最早設立的幾個縣之一,始設於秦統治時期。存縣期間,其行政範圍約為今臨安區的中部,縣城在於潛鎮。
宋代先併入昌化縣,後併入臨安縣。清末太平天國運動時期,於潛縣相繼被太平軍和湘軍佔領,雙方的廝殺導致該縣人口大量非正常死亡。1958年,於潛縣廢除,結束2000餘年的歷史。