福建行都指揮使司,明朝五個行都指揮使司之一。
洪武四年(1371年)正月在建寧府置建寧都衛。 洪武八年(1375年)十月改為福建行都指揮使司。東南距福建承宣布政使司駐地福州府五百二十五里,屬於前軍都督府。