第二E號熱帶低氣壓是2006年6月初形成的一場持續時間較為短暫的熱帶氣旋,在墨西哥西南部產生暴雨,是2006年太平洋颶風季形成的第二個熱帶低氣壓,也是這年6月東北太平洋僅有的熱帶氣旋。系統源於6月3日的一股東風波,起初向東北方向移動,對墨西哥米卻肯州和格雷羅州構成威脅,而且有達到熱帶風暴強度的可能。但是,氣旋強度一直沒有超過熱帶低氣壓標準,並因風切變以及同陸地間的相互影響而減弱,最終在距墨西哥海岸線不遠處完全消散。系統在阿卡普爾科產生486毫米雨量,引發泥石流和洪災。共有42幢房屋被淹,72人被迫離開家園,但沒有出現人員喪生的報道。