原噬菌体

原噬菌体（英语：prophage）为一种原病毒基因，可被插入或是聚集在环状病毒DNA染色体中，或是以染色体外的质体形式存在。这是一种潜在的病毒型态，在细菌中病毒以此种形态存在，但不会瓦解细菌细胞。

Formation of a prophage

在侦测到宿主细胞的损伤——如UV光或是一些化学物质造成——时，细菌染色体中的原噬菌体便被激活，而此过程称为prophage induction。

激活之后，病毒透过Lytic Cycle开始复制。在此裂解循环中，病毒霸占了细胞的生殖位。细胞内会富含病毒，直到细胞裂解或是细胞会一次在胞吞作用时释出新的病毒。从被感染至细胞裂解的中间过程，称为潜伏期。有裂解循环的病毒，称作virulent virus（剧毒病毒）。原噬菌体为重要的水平基因转换因子，也被认为是可动遗传因子的一部分。所有病毒细菌都有一环状DNA基因（单环或双环）或是透过一环状中间物来进行复制，例如Caudovirales有尾噬菌体目。

合子诱导

主条目：合子诱导

原噬菌体通常会转译出一种物质使自身保持潜伏状态。但在细菌接合过程中，如果靶细胞不具有相同的原噬菌体，也就没有使原噬菌体保持潜伏状态的物质，那么通过接合得到原噬菌体后其细胞裂解通路就会马上激活，这种现象称为合子诱导。