親水指數

某種胺基酸的親水指數（hydropathy index）是一個描述其支鏈的親水性或疏水性程度大小的值。「親水指數」於1982年被Jack Kyte與Russell Doolittle提出。親水指數越大，這種胺基酸的疏水性就越強。

親水指數是根據蒸汽至水相轉移的Δ_trG_m^ɵ以及在形成蛋白質時胺基酸在表面和內部的分布測算的。疏水性最強的兩種胺基酸分別是異亮氨酸（親水指數為4.5）與纈氨酸（親水指數為4.2）；親水性最強的兩種胺基酸分別是精氨酸（親水指數為-4.5）和賴氨酸（親水指數為-3.9）。

20種常見胺基酸的親水指數（基於Kyte與Doolittle的數據，縮寫符號參見胺基酸)

R	K	N	D	Q	E	H	P	Y	W	S	T	G	A	M	C	F	L	V	I
-4.5	-3.9	-3.5	-3.5	-3.5	-3.5	-3.2	-1.6	-1.3	-0.9	-0.8	-0.7	-0.4	1.8	1.9	2.5	2.8	3.8	4.2	4.5

Eisenberg consensus scale（ECS）提供的20種常見胺基酸的親水指數

R	K	D	Q	N	E	H	S	T	P	Y	C	G	A	M	W	L	V	F	I
-2.5	-1.5	-0.90	-0.85	-0.78	-0.74	-0.40	-0.18	-0.05	0.12	0.26	0.29	0.48	0.62	0.64	0.81	1.1	1.1	1.2	1.4

用途

親水指數在蛋白質結構的研究中十分重要。具有疏水性的胺基酸在蛋白質的三維結構中更常見於蛋白質的內部，而具有親水性的胺基酸更常出現在蛋白質的表面。

另一個重要用途是預測膜蛋白在細胞膜中的分布。如果發現膜蛋白有連續二十個左右的胺基酸都具有較強的疏水性，那麼很有可能這一段胺基酸是膜蛋白橫跨細胞膜的部分。