小核衣菌目（學名：Pyrenulales）為散囊菌綱的一目真菌。
小核衣菌目
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| Pyrenula pseudobufonia的植物標本
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科學分類 
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| 界：
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真菌界 Fungi
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| 門：
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子囊菌門 Ascomycota
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| 綱：
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散囊菌綱 Eurotiomycetes
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| 目：
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小核衣菌目 Pyrenulales
Fink ex D. Hawksw. & O.E. Erikss. (1986)
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下屬分類
- 小核衣菌科 Pyrenulaceae
- Requienellaceae
- Not assigned
小核衣菌目下未指定科的屬：
- Porothelium
- Rhaphidicyrtis
- Xenus
參考文獻
