郭肇基(?—1650年),山東金鄉縣人。清朝政治人物。
順治二年(1645年)舉乙酉科山東鄉試,順治三年(1646年)聯登进士[1]。任狄道縣知县[2]。顺治七年(1650年)六月,郭肇基等人因为“擅带逃人五十三名”,被多尔衮处死[3]。